Obec Vyšná Myšľa leží na úpätí Slanských hôr medzi riekou Olšavou na mierne sklonenom svahu smerom západným. V okrese Košice – okolie leží v cípe juhovýchodným smerom k hraniciam MĽR.
Obec má 960 obyvateľov s počtom domov 297. Rozprestiera sa na ploche 0,6 km2. Obec Vyšná Myšľa susedí s obcami, v severnej časti obec Bohdanovce, v severovýchodnej časti Rákoš, v západnej časti obec Nižná Myšľa, v severovýchodnej časti obec Nižná Hutka a v južnej časti obec Skároš. V juhovýchodnej časti hraničí so štátnou hranicou MĽR.
Nadmorská výška sa pohybuje od 200 – 270 m nad morom. Geologicky územie obce sa člení na miernom svahu pod pohorím Slanských vrchov.